普通にVSCodeの機能で、「フォルダを開く」で、1つのディレクトリ以下にどんどん階層作るでいいように思います。。
インストール後にセットアップが必要です。
VSNotes:Create a New Noteで、ノート作成
ファイル名を作る際に「{新規ディレクトリ名} / {新規ファイル名}」のように書きます。
タグの方法は、以下のようにノートの先頭に記載する。
--- tags: - 配列 ---
VSNotesの機能だけでは、ファイル名を変更したり、ノートの削除ができません。
コマンドパレットで、「Open Note Folder」を選択して、エクスプローラから変更しましょう。